提問人你好：
依照勞動基準法規定，雇主應置備勞工出勤紀錄[1]，並逐日記載勞工出勤情形至分鐘為止[2]。至於出勤紀錄，包括：簽到簿、出勤卡、電腦出勤紀錄系統，或其他可以覈實記載勞工出勤時間等工具及所產生的紀錄[3]，此規定為強制規定，不會因為是否屬責任制而有不同，假如雇主違反規定並經主管機關認定後，則會被處以罰緩[4][5]。
假設勞資雙方在勞動契約成立時，雙方有約定例假、國定假日及延長工時的工資給付方式，而且所約定的工資又沒有低於基本工資加計假日、延長工時工資的總額時，過去司法實務認為，在顧及勞資雙方整體利益及契約自由原則下，這樣的約定並沒有違反勞動基準法的規定[6]，因此，雇主是否需要額外給付加班費，則應該回到雙方當初的約定內容來判斷，其他相關文章，請參考《責任制工作者基本工資及加班費》、《責任制核報後的加班問題》。
至於提早半小時離開公司被記過並且扣錢的部分，基於提高行政管理效能，並且節省成本有效從事市場競爭，實務上固然肯定雇主對於勞工有人事管理權[7]，但連同第二點一起說明，所任職務是否適用責任制、雙方是否已完成書面約定、經主管機關核備等程序，並且另行約定調整工作時間，都會影響勞工應勤日及工作時間起迄的判斷，建議提問人宜先進行確認，其他相關文章，請參考《什麼是責任制？公司採責任制，所以沒做完就不能下班嗎？》。
即使先不討論是否適用責任制，雇主基於人事管理權限，對勞工疑似早退行為進行記過並且扣薪的行為，除必須考量是否符合比例原則外，依照勞動基準法規定，原則上，雇主應將工資全額直接給付勞工，但是「法令另有規定」或者「勞雇雙方另有約定」的時候，例外不受到全額給付原則的限制[8]，實務上常有爭議的「勞雇雙方另有約定」，則是指勞資雙方對於扣抵項目及金額都沒有爭議，並且由勞工同意自工資中扣取一定金額的情形[9]，假設勞資雙方對於約定的內容有爭執，雇主不能在單方面認定後，就扣除或抵銷勞工的工資，應該循司法途徑解決[10]，其他相關文章，請參考《違反勞基法的授權有效力嗎》。
註腳
- 勞動基準法第30條第5項規定「雇主應置備勞工出勤紀錄，並保存五年。」
- 勞動基準法第30條第6項規定「前項出勤紀錄，應逐日記載勞工出勤情形至分鐘為止。勞工向雇主申請其出勤紀錄副本或影本時，雇主不得拒絕。」
- 勞動基準法施行細則第21條第1項規定「本法第三十條第五項所定出勤紀錄，包括以簽到簿、出勤卡、刷卡機、門禁卡、生物特徵辨識系統、電腦出勤紀錄系統或其他可資覈實記載出勤時間工具所為之紀錄。」
- 勞動基準法第79條第1項第1款規定「有下列各款規定行為之一者，處新臺幣二萬元以上一百萬元以下罰鍰：一、違反第二十一條第一項、第二十二條至第二十五條、第三十條第一項至第三項、第六項、第七項、第三十二條、第三十四條至第四十一條、第四十九條第一項或第五十九條規定。」
- 勞動基準法第79條第2項規定「違反第三十條第五項或第四十九條第五項規定者，處新臺幣九萬元以上四十五萬元以下罰鍰。」
- 最高法院 108 年台上字第 1540 號民事判決「……。而勞雇雙方於勞動契約成立之時，係基於平等之地位，勞工得依雇主所提出之勞動條件決定是否成立契約，則為顧及勞雇雙方整體利益及契約自由原則，如勞工自始對於勞動條件表示同意而受僱，勞雇雙方於勞動契約成立時，即約定例假、國 定假日及延長工時之工資給付方式，且所約定工資又未低於基本工資加計假日、延長工時工資之總額時，即不應認為違反勞基法之規定，勞雇雙方自應受其拘束，勞方事後不得任意翻異，更行請求例、休假日之加班工資。」
- 最高法院91年台上字第1040號民事判決「按在現代勞務關係中，因企業之規模漸趨龐大，受僱人數超過一定比例者，雇主為提高人事行政管理之效率，節省成本有效從事市場競爭，就工作場所、內容、方式等應注意事項，及受僱人之差勤、退休、撫恤、資遣等各種工作條件，通常訂有共通適用之規範，俾受僱人一體遵循，此規範即工作規則或稱員工服務手冊。其內容除違反法律強制禁止規定或團體協約外，如經公開揭示，當然成為僱傭契約內容之一部，勞、雇雙方均應受其拘束。」
- 勞動基準法第22條第2項規定「工資應全額直接給付勞工。但法令另有規定或勞雇雙方另有約定者，不在此限。」
- 勞動部105 年 08 月 02 日勞動條 3字第 1050131754 號函「 四、次依勞動基準法第 22 條第 2 項規定『工資應全額直接給付勞工。 但法令另有規定或勞雇雙方另有約定者，不在此限。』所謂另有約定 ，限於勞雇雙方均無爭議，且勞工同意由其工資中扣取一定金額而言 ；如勞雇雙方對於約定之內容仍有爭執，自非雇主單方面所能認定， 應循司法途徑解決，不得逕自扣發薪資。......。」
- 勞動部勞動法訴二字第1080023695號訴願決定書「又勞動基準法制定之目的，係為規範勞動條件之最低標準，以保障勞工權益，加強勞雇關係，並促進社會與經濟發展。另工資係勞工因工作而獲得之報酬，亦為勞工維持經濟生活之主要憑藉，故為保障勞工生活，勞動基準法第22條第2項明定，勞工之工資應全額直接給付勞工，是除法令另有規定或勞雇雙方另有約定外，雇主不得以任何理由扣發工資，且勞動基準法第22條第2 項但書所謂另有約定，限於勞雇雙方均無爭議及勞工同意由其工資中扣取一定金額而言，如勞雇雙方對於約定之內容仍有爭執，自非雇主單方面所能認定，應循司法途徑解決，不得逕自扣發薪資或逕為抵銷而不全額給付工資，否則勞工如動輒須就雇主積欠之工資循民事訴訟程序要求給付，勢將嚴重影響勞工生活，此與勞動基準法之立法目的有違，......。」