是的，要向主管機關通報[1]。
性侵害防治法規定醫事人員發現有疑似性侵害犯罪情形的話， 24小時內要向當地主管機關通報[2]。而未滿16歲的少女懷孕，就算少女是合意發生性行為，對方也會觸犯刑法第227條第1項或第3項規定[3]，屬於性侵害防治法的「性侵害犯罪」[4]，因此醫事人員必須依法向當地主管機關通報。
雖然有部分醫事人員認為，通報義務會破壞醫病信賴關係，而且恐怕會造成未成年人不循正規醫療的管道，反而對懷孕少女身心遭受更大傷害。但考量為了妥善保護未成年人權益，如果可以讓主管機關及早介入了解，提供相關資源，也是對未成年小爸媽的協助。因此，醫事人員在發現未滿16歲的少女懷孕來就診時，還是要依法向主管機關通報。
關於使未滿16歲的人懷孕的法律責任、醫事人員的通報義務等，可以進一步閱讀：凃秀蕊（2020），《讓未滿16歲的未成年人懷孕會有什麼法律責任？去產檢或生產，會被醫院通報嗎？》。
註腳
- 衛生福利部衛部護字第1040016069號函（2015/6/17）：「……未滿16 歲之兒童及少年不論是否為合意性行為，皆屬法定應通報事項，醫事人員於執行業務時倘知悉兒童及少年有該等情事，依法應通報直轄市、縣（市）主管機關，當無疑義。」參閱：台灣婦產科學會秘書處（2015），《台灣婦產科醫學會會訊》，第225期，頁8-9。
- 性侵害犯罪防治法第8條第1項：「醫事人員、社工人員、教育人員、保育人員、警察人員、勞政人員、司法人員、移民業務人員、矯正人員、村（里）幹事人員，於執行職務時知有疑似性侵害犯罪情事者，應立即向當地直轄市、縣（市）主管機關通報，至遲不得超過二十四小時。」
- 中華民國刑法第227條：「
I 對於未滿14歲之男女為性交者，處3年以上10年以下有期徒刑。……
III 對於14歲以上未滿16歲之男女為性交者，處7年以下有期徒刑。」 - 性侵害犯罪防治法第2條第1項：「本法所稱性侵害犯罪，係指觸犯刑法第二百二十一條至第二百二十七條、第二百二十八條、第二百二十九條、第三百三十二條第二項第二款、第三百三十四條第二項第二款、第三百四十八條第二項第一款及其特別法之罪。」