你好：
參考勞動部解釋函的說明，勞工請事假的時間本來就是正常工時之的一部份，而必須要原受雇主指揮監督，就算因為請假實際上沒有從事工作，在檢視當日工作時間是否符合勞動基準法第32條第 2 項「每日延長工時連同正常工時不得超過 12 小時」規定時，請事假的時段仍然應該與當天工作時間合併計算。
回到詢問的內容，假設上午請假2小時，下半天因為工作做不完必須延長工作時間，延長的3小時就是俗稱的加班。
因此，如果雇主在工作規則中訂定「如果員工同一天有請假、加班的情況，時數要相互扣掉，扣掉的時數不用請假也不記錄加班」則可能因此勞動基準法及上述勞動部解釋。
如果針對詢問的內容，實際上已產生勞資爭議問題，建議可以向所屬工會反映，或者向當地勞政主管機關提出調解、申請勞動檢查來解決紛爭。