公民投票法在2003年制定後，經歷多次修訂。最值得注意的是2018年的修訂，廢除了有「鳥籠公投法」之稱的「公民投票審議委員會[1]」規定。
依照當時的行政院公民投票審議委員會組織規程，「公民投票審議委員會」確實有針對各公投案件的實質審查權利。
實務上，確實也因為「公民投票審議委員會」的設計，讓許多提案遭駁回[2]。
實務上，確實也因為「公民投票審議委員會」的設計，讓許多提案遭駁回[2]。
因此，在2018年的修法過程中，有許多黨團提案廢除「公民投票審議委員會」規定。理由大約是：
有礙於主權在民原理之落實。
.組織疊床架屋，權責不明。
淪為政府操控公民投票提案之工具。
違反公民投票直接民權之設計[3]。
所以公民投票法在2018年的修訂後，廢除公民投票審議委員會。
廢除公民投票審議委員會後，中選會可以審查公投案題目嗎？
依公投法第3條第1項規定，全國性公民投票之主管機關為中央選舉委員會（中選會），並指揮監督直轄市、縣（市）選舉委員會辦理之。
現行公民投票法已擺脫「鳥籠公投」惡名，在2008年僅成立了6案全國性公民投票案及5案地方性公民投票案[4]；到2018年，「全國性公民投票案」就已經累積至16案[5]。但也衍生許多亂象，並引起「公民投票可否超越憲法」的疑慮[6]。
現行公民投票法已擺脫「鳥籠公投」惡名，在2008年僅成立了6案全國性公民投票案及5案地方性公民投票案[4]；到2018年，「全國性公民投票案」就已經累積至16案[5]。但也衍生許多亂象，並引起「公民投票可否超越憲法」的疑慮[6]。
立法院研究報告認為：中選會對公投案題目僅能形式審查，不能進行實質審查
依中央選舉委員會組織法第1條規定，中選會為貫徹憲法保障民主法治及人民參政權之本旨，統籌辦理公民投票事務，係依中央行政機關組織基準法第7條規定所設辦理公民投票事務之行政機關，對公投提案僅能形式審查 [7]。
依中央選舉委員會組織法第1條規定，中選會為貫徹憲法保障民主法治及人民參政權之本旨，統籌辦理公民投票事務，係依中央行政機關組織基準法第7條規定所設辦理公民投票事務之行政機關，對公投提案僅能形式審查 [7]。
綜上可知，現行公投法規定中，中選會可對提案內容進行形式審查。
這是現行制度運作結果，如果公投結果被認定違憲應如何處理，仍有賴立法者更周全的修訂。
這是現行制度運作結果，如果公投結果被認定違憲應如何處理，仍有賴立法者更周全的修訂。
未來公投修法
為補正2018年11月24日九合一選舉合併辦理公投作業所發現的缺失，行政院已於2019年4月11日通過「公民投票法」部分條文修正草案[10]，可能針對中選會審查公投案題目的標準有更新規定，例如：
明定公民投票涉及人民之權利義務者，不得違反我國已締結、經總統批准或公布之國際人權公約及其施行法之規定。（修正條文第 1 條）
明定提案人之領銜人於提案時應備載公民投票案之簡稱，且不超過10字為限，另增訂提案人應附具國民身分證影本之驗證措施；修正電子連署系統係針對連署階段使用。（修正條文第 9 條、第 10-1 條 ）
但依目前觀察，這個修正草案並未針對現行公民投票法第2條「全國性公民投票，依憲法規定」的規定作修訂。因此，就題目所詢問的標準是否包括（明顯）違憲？還沒有發現進一步的解釋。
註腳
- 依照行政院公民投票審議委員會組織規程（現已廢止）第2條規定：「
行政院公民投票審議委員會 (以下簡稱本會) 審議下列事項：
一、本法第二條第二項及第四項所定全國性公民投票事項之認定。
二、本法第三十三條所定公民投票提案是否為同一事項之認定。
三、本法第三十八條地方性公民投票事項疑義之認定。」 - 例如：
1.游錫堃先生於2007年提出：你是否同意政府以「台灣」名義加入聯合國？
2.蔡英文女士於2009年提出：你是否同意ECFA應交付台灣人民公民投票決定？
（黃昆輝先生於2010年也曾就ECFA多次提案，均遭公民投票審議委員會駁回。另於2011年提案「你是否同意依公民投票法所設置之『行政院公民投票審議委員會』應該繼續存在？」仍遭駁回。）
3.高成炎先生於2014年提出：你是否同意板四廠進行裝填核燃料棒試運轉？
4.陳志宏先生於2016年提案：您是否同意民法親屬編『婚姻』、『父母子女』、『監護』與『家』四章中，涉及夫妻、血緣、與人倫關係的規定，未經公民投票通過不得修法？
上開資料參考：行政院網站，行政院公民投票審議委員會審議全國性公民投票提案駁回概況表（2016/2/26） - 上開各項整理自立法院議案關係文書（2017），《院總第1574號》。
並摘錄委員鄭麗君等33 人提案要旨以茲說明：（摘錄）
「公民投票係直接民權之制度性展現，除程序要件是否完備之外，其實質內容本不應受政府行政機關審查。現行公民投票法，除使行政主管機關就程序事項進行審查外，復又設置『公民投票審議委員會』。該委員會在本法列舉規定之職權，雖僅有認定『提案是否為全國性公民投票』以及『是否為本法第 33 條規定之同一事項』，然而，在實際運作上，卻屢次出現不當針對提案實質內容進行審議，並恣意駁回之侵害人民公民投票權之現象。」 - 行政院網站，《公民投票法》。
- 參考：《公投指南》網站。
中央選舉委員會（2018），《107年公投案意見發表會播出場次表》（錄影存檔）。 - 法操（2018），【2018年公投】公民投票可以超越憲法嗎？（2018/11/29）
- 蘇顯星（2018），《中央選舉委員會對公民投票提案可否實質違憲審查及辦理投票問題之研析》。
- 有學者主張：公投提案之法律主張，是否若通過公投後，若有無可避免的必定違反憲法，清楚而毫無疑義的規定的，才是中選會之審查可得為之的審查層次。
換句話說就是只有在提案、其違反憲法目的與規定、乃是對任何人都是顯而易見的，才得以拒絕成案。
參見：國會電子報（2018），《鄭哲民教授：中選會對於公投提案，不得為實質違憲之審查！》。 - 立法委員黃國昌在2018年4月19日質詢時發言表示：「去年大法官釋字第748號解釋，已確立同性婚姻是受憲法保障的基本人權。然而，中央選舉委員會日前初審通過反對同性婚姻公投提案，引發強烈抗議與高度質疑。面對如此重大的人權保障議題，中選會為何不聲請釋憲？」。若按黃委員意見，中選會似乎可以在接獲「有違憲疑慮」的公投案題目時，立即聲請釋憲。
參考：黃國昌（2018），《內政委員會質詢記錄》。 - 行政院網站，行政院會通過「公民投票法」部分條文修正草案。（2019/4/11）