我不知道對方藥師是用什麼罪名提告，不過，從你的描述看起來，對方藥師因你的用語而感到威脅，那麼對方很可能是提告刑法第305條的恐嚇罪。
以加害生命、身體、自由、名譽、財產之事恐嚇他人，致生危害於安全者，處二年以下有期徒刑、拘役或九千元以下罰金，刑法第305條定有明文。
另外，對於醫事人員或緊急醫療救護人員以強暴、脅迫、恐嚇或其他非法之方法，妨害其執行醫療或救護業務者，處三年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以下罰金，醫療法第106條第3項定有明文。
而以上的罪刑都屬於非告訴乃論罪，也就是告訴人提告之後不得撤回。
如果你與他在偵查庭中達成和解，當然有助於你的官司，但如果對方提告305條恐嚇罪，是屬於非告訴乃論罪，所以檢察官最後一定要做出處分，而你們的和解可有助於爭取緩起訴，如果檢察官作出緩起訴，就不會走到法院審判的階段，因此，你真的應該努力與對方達成和解，並積極向檢方爭取緩起訴，這才是正確的選擇與策略。
以上