A為B大學C學系的碩士班研究生，因報考學位資格考試未達標準，不符合B大學考試要點規定，而遭到退學。之後，A提起申訴、訴願及行政訴訟，希望能夠撤銷該退學處分，然而訴訟遭最高行政法院駁回[1]，理由是，基於大學自治，B大學可以針對「學位資格」考試作規定。而A因此再聲請憲法解釋，最終由大法官作成釋字第563號解釋，認為基於學術自由受到大學自治保障，B大學的考試要點規定是自治事項之一，並沒有逾越大學自治範圍，而受其保障[2]。
案例中所討論的學術自由、大學自治究竟是什麼呢？本文將進一步說明。
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學術自由，是指人類透過研究、講學等方式探求真理的自由[2]，受憲法所保障[3]，主要涉及到大學（以上）的教育，跟國民教育有所不同[4]。按照司法院釋字第380號解釋，憲法第11條是對於學術自由的保障，內涵包括[5]：
研究的意思，是指包含內容與形式，都是嚴謹、有計畫地嘗試對真理加以探究的活動。是用有條理、有系統、可檢驗的方法，達到獲取新知識的目的。大學內的師生可以自由選擇研究的領域、議題。
講學，是把研究所獲得的知識，用具有學術認知基礎的方式，加以傳授的活動。大學教師可以自由開設課程、決定不同課程內容。
學術自由除了保障大學教師的講學自由外，也保障大學生的學習自由。學生可以按照興趣，自由決定參加哪些課程、學習哪些講學內容。
基本權具有兩種功能。一種叫做「主觀公權利」，是人民面對國家時，可以主張自己有基本權，要求國家不可以侵害自己的權利，或請求國家的給付、照顧。另一種叫做「客觀法秩序」，是建立社會上的成員所共同依循的秩序[6]。
有時候，憲法上所保障的基本權利需要國家透過制度來協助，讓基本權利有實現的可能性[7]。因此，依我國釋憲實務的看法，「大學自治」是一種保障學術自由的「制度性保障」，意思是國家建立一套制度，提供人員、場地、經費等，打造一個得自由研究學術的地方，也就是大學[8]。
學校以外的監督機關（教育部），不可以不當干預學校運作，除了直接禁止學校不能開設哪些課程、教哪些內容以外，間接干預學校的經費、人事，影響學校的運作，也是對於大學自治的限制。大學自治建立了現有「大學」經營運作的準則，在法律所保障的範圍內，大學享有「自治權[9]」。若這個領域受到國家的侵犯，「大學」也可以成為主張學術自由的主體[10]。
大學可以為了確保學位的授予，或維護學校的秩序，對學生作一些規範。但如果因為學校的某些措施，導致學生的受教育權或其他權利受到侵害的時候，學生也可以透過行政爭訟的方式，維護自己的權利[11]。
雖然國家可以對大學事務中，一些涉及基本權的重要事項作規定[12]，但若不當干預大學自治，基於大學自治下大學的「主觀公權利[13]」，大學可以透過行政救濟的方式[14]，包含提起訴願及行政訴訟，來對抗國家（教育部）的侵害。透過司法審查教育部的處分是否有違法或不當的地方。若教育部的處分有違法或不當，則可以消除違法狀態，恢復大學原本應該享有的權利。
綜上，回到本文案例，關於學位資格的規範，涉及學術資格的認定，依司法院釋字第563號解釋的看法，大學為了確保學位授予具有一定的水準，可以在大學自治的範圍內，自行訂定有關學位取得的資格條件。不須由大學法對這個部分作統一的規範。因此B大學可以用「校規」來規定學位授予的標準，並沒有違反法律保留原則[15]。
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