關於不當勞動行為裁決程序規定，分散在「勞資爭議處理法」、「不當勞動行為裁決辦法」及「不當勞動行為裁決委員會分案及審理案件要點」說明如下[1]：
依照「勞資爭議處理法」第39條第2項[2]及同法第51條第1項[3]規定，裁決申請的期間，當行為人有「不利益對待」、「支配介入」及「不誠信協商」的事實，從：（一）申請人知悉這樣的事實的隔天開始90日內，或是（二）從事實發生的隔天起90日內，可以向不當勞動行為裁決委員會提出申請。
換句話說，裁決的申請是採取雙起算制度，只要申請人符合其中一種就算是具備申請程序的第一步。
另外，裁決申請人應該依規定提出裁決申請書，內容除基本資料外，也必須清楚寫下請求裁決事項及原因事實[4]，且提出相關書面說明或可能的附屬文件正本5份，並應按照相對人（也就是申請人的另一方）的人數，提出繕本或影本，有委任律師，則應該一併提出委任書狀[5]。如果以工會當作申請人，工會必須提供登記證書或其他資格文件[6]。
一般而言，對於各類型不當勞動行為的「知悉」，是指申請人確實具體知道行為人行為時的對象是誰，而且行為及受到通知的內容必須要具體明確[7]。
至於不當勞動行為「事實發生」時間點的認定，如果以「支配介入」來當作說明的例子，時點的判斷應該整體觀察雇主或代表雇主行使管理權的人對勞工行使的管理行為，再到影響、妨礙工會成立、運作或自主性結果的發生，以這個時間點當作計算裁決申請期間的依據[8]。
實務上，行為人的不當勞動行為本身經常是持續性的行為，例如因為考績被評乙等導致獎金減少，因此90天的起算時間點，應該以最後行為終了日起算；即使是兩個以上的行為，但是此時如果能肯定各個不當勞動行為間，具有意思及行為的同一性與時間的連續性，例如好幾年的考績都出於是工會成員這個理由而被評更低的等級，也屬於繼續性行為[9]。
依據現行法規並沒有對誰可以申請裁決有明確的規範，因此在適用上曾衍生不小的爭議，到底誰可以申請裁決，依照類型的不同說明如下：（見圖1）
不當勞動行為裁決委員會認為在「不利益對待」的類型裡，如果工會認為受到行為人支配介入不當勞動行為侵害，工會本來就可以根據工會法第35條第1項申請裁決，來排除行為人的不當勞動行為[10]，但是也有認為需要是工會為申請主體，如果是工會的分（支）會就不能申請[11]。
從歷年不當勞動行為裁決委員會做出的裁決來觀察，「支配介入」類型，除了勞工具有正當的利害關係或救濟利益可以申請外，工會也可以申請[12]。
申請人如果不具備工會代表人身分，但是仍然具有工會會員的身分時，申請人所主張工會遭行為人支配介入顯然仍具有利害關係，可以當作申請的主體[13]。另外，非工會會員或無僱傭關係勞工也受不當勞動行為制度的保障，可以成為申請的主體[14]。
至於「不誠信協商」的類型，因為團體協約法第2條已經規定[15]，只有雇主或有法人資格的雇主團體及工會，可以進行團體協約協商，因此申請的主體只限於雇主、雇主團體及工會，而不包括勞工本人。
註腳